El gobierno de Duarte, es investigado por la secretaría de Finanzas, por haber cerrado contratos por 3.300 millones de pesos (unos 174,24 millones de dólares) con una treintena de empresas presumiblemente ficticias, y por la fiscalía general por presunto enriquecimiento ilícito y peculado.
Las investigaciones por corrupción contra Duarte le pasaron factura dentro del Partido Revolucionario Institucional (PRI), que en una decisión sin precedentes le suspendió provisionalmente sus derechos políticos.
El gobierno de Duarte, también ha estado marcado por un recrudecimiento de la violencia ligada al narcotráfico, con secuestros, asesinatos y extorsiones que han hecho de Veracruz uno de los estados más violentos de México.